יש לתחזק את הפיפטה באופן קבוע לפי תדירות השימוש, אך לפחות כל 3 חודשים, יש לבדוק את הפיפטה לאיתור אבק ולכלוך, לשים לב במיוחד לחרוט הפה שלה. תחזוקה לטווח ארוך דורשת ניקוי של החלק הפנימי של הפיפטה ויש לפרק על ידי צוות מיומן ומוסמך.
1. ניקוי הפיפטה
הניקוי הפנימי צריך לפרק תחילה את החלק התחתון של הפיפטה. יש לשפשף את החלקים המפורקים במי סבון, חומר ניקוי או 60 אחוז איזופרופיל אלכוהול, לאחר מכן לשטוף במים מזוקקים כפולים, לייבש, ולאחר מכן לצפות בספוגית צמר גפן על פני הבוכנה. מרחו שכבה דקה של סיליקון סיכה; אטמים בדרך כלל אינם זקוקים לניקוי.
2. עיקור פיפטות
ניתן לעקר אותו על ידי עיקור קונבנציונלי בטמפרטורה גבוהה ובלחץ גבוה או עיקור בקרינה אולטרה סגולה.
3. הסרת חומצות גרעין מזהמות על הפיפטה
השרו את השרוולים הפנימיים והחיצוניים המפורקים מהחלק התחתון של הפיפטה בתמיסת הניקוי ב-95 מעלות למשך 30 דקות, לאחר מכן שטפו את השרוולים במים מזוקקים כפולים, יבשו ב-60 מעלות או יבשים לחלוטין, ולבסוף הכניסו אותם לבוכנה. מרחו חומר סיכה (סיליקון) על פני השטח והרכיבו את החלקים.
